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tritt das Phänomen nur bei MSI/MSP auf, die du "direkt" ausführst? Wenn ja, kannst du es mal mit dem von SisterOfMercy vorgeschlagenen Syntax msiexec.... ausprobieren?
Ist in eurer smb.conf im Abschnitt opsi_depot der Parameter "acl allow execute always" auf true?

MIttels dem extra msiexec aufruf hab ich das auch schon probiert wie bei SisterofMercy, aber leider das gleiche Problem.

Ja in unserer SMB Conf ist acl allow execute always auf true